Cốt truyện mới cốt yếu xoay quanh những cuộc xiêu dạt mới của Uzumaki Naruto và Haruno Sakura cùng quá trình tìm kiếm Uchiha Sasuke của họ sau khi cậu ta rời khỏi làng Lá đến chỗ Orochimaru để có được sức mạnh. Cốt truyện cũng giới thiệu và phát triển các nhân vật phụ quan yếu mới như Sai và Yamato đồng thời thể hiện các hoạt động hăng hái hơn của Tổ chức Akatsuki vì mục đích tối thượng săn tìm và sở hữu tất cả các Vĩ thú. Giải cứu Kazekage : thể hiện chi tiết các sự kiện trong cuộc đổ bộ của Akatsuki đến làng Cát nhằm tìm kiếm jinchūriki của Shukaku , được thực hành bởi Sasori và Deidara; tiếp theo đó là quá trình Tổ chức tước và phong ấn Vĩ thú , đụng độ Sasori – Deidara , giành lại xác người Gaara và sự hồi sinh của cậu ta. Tiếp sau thời gian ấy là Arc Sasuke và Sai. Sasuke và Sai : thể hiện chi tiết hai thành viên mới của Đội Kakashi là Sai và Yamato cùng cuộc tái ngộ của Đội với Uchiha Sasuke , người đã rời bỏ làng hơn hai năm về trước. Trước arc này là Arc Giải cứu Kazekage , tiếp sau nó trong manga là Arc Hidan và Kakuzu , trong anime là Arc Mười hai Ninja Hộ vệ. Hidan và Kakuzu: phần này thể hiện chi tiết các sự kiện gây ra bởi “Bộ đôi Xác ướp” của Akatsuki , Hidan và Kakuzu , cùng quá trình tập tành thuật mới của Naruto và trận chiến quyết liệt của Đội 10 – Đội 7 chống lại hai kẻ đó. Trong anime , quá trình tập tành của Naruto đã bắt đầu trong Arc Mười hai Ninja hộ tống. Trước arc này trong manga là Arc Sasuke và Sai , trong anime là Arc Mười hai Ninja Hộ vệ; tiếp sau nó trong manga là Arc đuổi theo quân địch Itachi , trong anime là Arc Tam Vĩ. Đuổi theo quân địch Itachi : phần này đề cập chi tiết đến Đội Tám người của làng Lá , quá trình truy tìm tung tích Itachi của Sasuke , Jiraiya đối nghịch thủ lĩnh Pain của Tổ chức tội nhân cấp S Akatsuki và trận huyết chiến cuối cùng giữa hai bằng hữu nhà Uchiha. Trước arc này trong manga là Arc Hidan và Kakuzu , trong anime là Arc Tam Vĩ; tiếp sau nó trong manga là Arc Cuộc xâm lăng của Pain , trong anime là Arc Cấm thuật Tsuchigumo. Cuộc xâm lăng của Pain : phần này thể hiện chi tiết những cố gắng bắt giữ Bát Vĩ và Cửu Vĩ con cáo của Akatsuki với hai trận đại chiến: Taka ( của Sasuke ) vs. Killer B ( jinchūriki của Bát Vĩ ) và Pain Lục đạo vs. Naruto ( jinchūriki của Cửu Vĩ ). Trước arc này trong manga là Arc đuổi theo quân địch Itachi , trong anime là Arc Cấm thuật Tsuchigumo; tiếp sau nó trong manga là Arc Hội nghị Ngũ đại Kage , trong anime là Arc Lịch sử làng Lá. Hội nghị Ngũ đại Kage : Hai sự kiện Pain hủy diệt làng Lá và Killer B ( được cho là ) bị bắt giữ bởi Taka đã dấy lên sự khích động trong nội bộ Ngũ đại Quốc Ninja để từ đó kêu gọi các nước hợp sức cùng đối phó với nguy cơ từ Akatsuki. Trước arc này trong manga là Arc Cuộc xâm lăng của Pain , trong anime là Arc Lịch sử làng Lá; tiếp sau nó trong manga là Arc giam hãm các jinchūriki , trong anime là Arc Những cuộc xiêu dạt trên biển. giam hãm các jinchūriki : Ngũ đại Quốc Ninja đã thành lập một Liên minh ninja với Thiếc Quốc và để sẵn cho Chiến tranh lớn Thế giới Ninja lần thứ Tư cũng như trận quyết đấu cuối cùng chống lại Akatsuki; trong khi đó Naruto tập tành dưới sự chỉ dẫn và giám sát của Killer B để điều khiển được sức mạnh của Cửu Vĩ. Arc cũng tái hiện lại sự kiện Cửu Vĩ tấn công làng Lá và Chiến tranh lớn bùng nổ. Trước arc này trong manga là Arc Hội nghị Ngũ đại Kage , trong anime là Arc Những cuộc xiêu dạt trên biển; tiếp sau nó ( trong cả manga và anime ) là Arc Chiến tranh lớn Thế giới Ninja. Chiến tranh lớn Thế giới Ninja : phần này xoay quanh Chiến tranh lớn Thế giới Ninja lần thứ Tư: Ngũ đại Quốc Ninja và các samurai cùng chung sức , gây nên Liên minh Ninja chống lại Tobi và Akatsuki để bảo vệ hai jinchūriki cuối cùng , Uzumaki Naruto và Killer B. Arc mở màn bằng sự bắt đầu của cuộc Chiến tranh lớn khi cả Liên minh Ninja và Akatsuki cùng hướng đến chiến trường. Những sự kiện ngh ii trong arc gồm các cuộc chiến với các ninja chuyển sinh , đặc biệt là các Kage tiền nhiệm , Uchiha Madara và các cựu Vĩ chủ; bằng hữu Uchiha đối nghịch Yakushi Kabuto và Itachi giải trừ thuật Uế Thổ Chuyển Sinh. Trước arc này là Arc giam hãm các jinchūriki , tiếp sau nó trong manga là Arc Sự hồi sinh của Thập Vĩ. Sự hồi sinh của Thập Vĩ : phần này là đỉnh điểm của Chiến tranh lớn Thế giới Ninja lần thứ Tư và sự hồi sinh của Thập Vĩ – điều mà Tobi và Uchiha Madara đã dự trù là sẽ phục vụ người ốm căn bản cho quá trình thực thi Kế hoạch Nguyệt Nhãn. Sự hồi Sinh của Kaguya: Sau khi Madara hoàn toàn hồi sinh và thức tỉnh được 2 mắt Rinnegan cũng là lúc Zetsu Đen làm phản và giết Madara để chuyên hóa hắn thành nguồn Charka khổng lồ để hồi sinh Kaguya, Thủy Tổ của Charka. Đội 7 tập hợp lại cùng nhau đánh bại và phong ấn bà lại. Kết thúc đại chiến Ninja lần thứ 4. Trận chiến cuối cùng của Naruto và Sasuke.